第一期第一批9所為（C9）：
1、北京大學(xué)
2、清華大學(xué)
3、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)
4、南京大學(xué)
5、復(fù)旦大學(xué)
6、上海交通大學(xué)
7、西安交通大學(xué)
8、浙江大學(xué)
9、哈爾濱工業(yè)大學(xué)
2000年后，985一期工程第二批高校陸續(xù)入選簽約，他們分別是：
1、北京理工大學(xué)
2、南開大學(xué)
3、天津大學(xué)
4、東南大學(xué)
5、武漢大學(xué)
6、華中科技大學(xué)
7、吉林大學(xué)
8、廈門大學(xué)
9、山東大學(xué)
10、中國海洋大學(xué)
11、湖南大學(xué)
12、中南大學(xué)
13、大連理工大學(xué)
14、北京航空航天大學(xué)
15、重慶大學(xué)
16、四川大學(xué)
17、電子科技大學(xué)
18、中山大學(xué)
19、華南理工大學(xué)
20、蘭州大學(xué)
21、西北工業(yè)大學(xué)
22、東北大學(xué)
23、同濟(jì)大學(xué)
24、北京師范大學(xué)
25、中國人民大學(xué)
26、中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
至此，以上35所高校組成了985工程一期建設(shè)的正式名單。
二期985大學(xué)名單
隨后，在2004年，根據(jù)《2003-2007年教育振興行動計劃》，教育部、財政部正式啟動二期建設(shè)。985工程二期建設(shè)共4所高校入選，他們分別是：
1、國防科學(xué)技術(shù)大學(xué)
2、中央民族大學(xué)
3、華東師范大學(xué)
4、西北農(nóng)林科技大學(xué)
在2011年，教育部在十一屆全國人大常委會上表示，985工程不再引入新的.高校。至此，以上39所學(xué)校共同組成了我國高校中的“985工程”。在一段時期內(nèi)，985工程高校代表了我國高等教育、科學(xué)研究領(lǐng)域的最高水平。并且該工程在民間也有極大的影響力，直到今天，該名單仍是高考報名，考研報名的“金指標(biāo)”，因入學(xué)生源質(zhì)量有保障，985工程名單也是國內(nèi)外諸多知名企業(yè)和機關(guān)單位招聘遴選優(yōu)質(zhì)畢業(yè)生的重要指標(biāo)。