1985年，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)就開始招收金融學(xué)專業(yè)的本科生。1998年，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)獲得金融學(xué)碩士學(xué)位授予權(quán)。2002年，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)開始招收農(nóng)村金融專業(yè)博士生。2010年，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)獲得金融學(xué)博士學(xué)位授權(quán)點。
2006年金融學(xué)專業(yè)列為江蘇省品牌專業(yè)，2010年會計學(xué)專業(yè)列為江蘇省特色專業(yè)，2012年金融學(xué)專業(yè)和會計學(xué)專業(yè)又成為江蘇省重點建設(shè)專業(yè)，2019年金融學(xué)專業(yè)入選首批國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點。
金融學(xué)院目前擁有金融學(xué)博士、金融學(xué)碩士、會計學(xué)碩士、金融碩士（MF）、會計碩士（MPAcc）等多層次的研究生培養(yǎng)體系，曾為中國農(nóng)業(yè)銀行總行、中國人民銀行南京分行等舉辦金融學(xué)碩士班，為政府有關(guān)部門、銀行、保險公司、證券公司、會計師事務(wù)所等培養(yǎng)了眾多高層次的金融、會計和審計方面的專業(yè)人才。