學(xué)科門類齊全、特色鮮明。現(xiàn)設(shè)有學(xué)院26個，研究所(中心)15個，國家重點實驗室（籌）1個，涵蓋農(nóng)學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、管理學(xué)、醫(yī)學(xué)、文學(xué)、教育學(xué)、法學(xué)、藝術(shù)學(xué)10大學(xué)科門類。有博士后科研流動站7個，博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科11個、二級學(xué)科48個，碩士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科18個、二級學(xué)科87個，專業(yè)學(xué)位授予類別8個，本科專業(yè)91個；國家重點學(xué)科和重點培育學(xué)科4個，部省重點學(xué)科19個。
2005年學(xué)校被確定為全國援疆學(xué)科建設(shè)計劃40所重點高校之一。根據(jù)2017年全國第四輪學(xué)科評估結(jié)果綜合計分，學(xué)校在全國農(nóng)林高校、在川高校中分別位居第7、第4。
從2015年起，農(nóng)業(yè)科學(xué)、植物學(xué)與動物學(xué)2個學(xué)科ESI排名持續(xù)穩(wěn)定保持世界前1%。2017年動物營養(yǎng)與飼養(yǎng)科學(xué)、2018年作物學(xué)入選全國高等院校學(xué)科創(chuàng)新引智計劃（111計劃）。