學(xué)校前身為創(chuàng)建于1909年7月的晚清郵傳部上海高等實(shí)業(yè)學(xué)堂船政科，開創(chuàng)了中國(guó)高等航海教育的先河。歷經(jīng)郵傳部高等商船學(xué)堂、吳淞商船學(xué)校、交通部吳淞商船�？茖W(xué)校、國(guó)立重慶商船�？茖W(xué)校、國(guó)立吳淞商船�？茖W(xué)校、上海航務(wù)學(xué)院等時(shí)期。1959年交通部組建上海海運(yùn)學(xué)院，2004年經(jīng)教育部批準(zhǔn)更名為上海海事大學(xué)。2008年上海海事大學(xué)主體搬遷臨港新城。學(xué)校原為交通運(yùn)輸部直屬高校，2000年劃歸上海市管理。2008年，上海市人民政府與交通運(yùn)輸部簽訂協(xié)議，共建上海海事大學(xué)。
截至2021年5月，學(xué)校有臨港校區(qū)（主校區(qū)）、港灣校區(qū)、民生路高恒大廈等3個(gè)校區(qū)，其中臨港校區(qū)占地面積133萬余平方米，總建筑面積60萬平方米；設(shè)有二級(jí)辦學(xué)部門，49個(gè)本科專業(yè)；有1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)（培育）學(xué)科；設(shè)有3個(gè)博士后科研流動(dòng)站，4個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，16個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，13個(gè)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)類別；有本科生16000余人，各類在校研究生7200余人，留學(xué)生近600名；有專任教師1300余名。