1、創辦者不同
從名字就能看出來，民辦的本科（民辦三本）學校是民辦的本科高校由民辦企業事業組織、社會團體及其他社會組織和公民個人創辦。公辦專科由國家政府部門創辦，說白了就是公家創辦的。這樣說下來，自然是公辦專科名字好聽一些，不管專業是啥，至少前面的招牌好聽。
2、學費不同
民辦的本科高校的學費非常貴，學生的學費一年有一萬多，兩萬多的，基本是公辦的本科高校的三到四倍。而公辦專科的一年學費一般是幾千元。差距是不是很明顯，有些學生面對民辦的本科的高學費，就要好好掂量一下了。
3、學校資金和經費不同
民辦的本科高校的資金經費來自私人經費，屬于非國家財政性教育經費。公辦專科高校的資金和經費基本全部源于政府的財政撥款。那么，民辦的本科的經費調撥會相對比較自由，但是，資金的多少要看創辦者的能力了。公辦專科的經費相對就比較穩定，但是撥到學校如何分配比例，這就是看誰是“親兒子”了。
4、年限不同
一個是四年，一個是三年。雖然民辦的本科不是公家建的，但一樣注重理論知識的培養，專業傾向不強的學生可能學不到實際的東西。而公辦專科更注重技能的培養，雖然只有三年時間，但到了高二就會安排實習，這樣就會大大減少在校學習的時間，這一點是有利有弊。