成立時間不同：
明朝萬歷年間，朝廷為了處理有關國家大事的案件，專門成立了一個集武林高手、密探、捕快和殺手于一體的'秘密組織。因為這個組織的秘密性，又因為總部大殿是一個坐北朝南、東南西三面開門、每面兩扇門總共六扇，所以叫做“六扇門”。
洪武十五年（1382 年），朱元璋設置錦衣衛(wèi)。初始職能為三項：其一，守衛(wèi)值宿；其二，偵察與逮捕；其三，典詔獄。此三項職能在一段的時期內并未設立供其穩(wěn)定實施的制度。
明憲宗時為加強特務統(tǒng)治，于成化十三年（1477年）于東廠之外增設西廠，與東廠及錦衣衛(wèi)合稱廠衛(wèi)，用太監(jiān)汪直為提督，其權力超過東廠，活動范圍自京師遍及各地。后因遭反對，被迫撤銷。正德元年短暫復開五年后又被撤銷。
明成祖于永樂十八年(1420年)設立東緝事廠（簡稱東廠），由親信宦官擔任首領。東廠是世界歷史上最早設立的國家特務情報機關，其分支機構遠達朝鮮半島。
工作內容不同：
“六扇門”通常只接手江湖幫派斗爭和久為官府通緝的要犯。作為皇帝侍衛(wèi)的軍事機構，錦衣衛(wèi)主要職能為“掌直駕侍衛(wèi)、巡查緝捕”，從事偵察、逮捕、審問等活動。也有參與收集軍情、策反敵將的工作，如在萬歷朝鮮戰(zhàn)爭中收集了大量的日軍軍情。東廠權力在錦衣衛(wèi)之上，只對皇帝負責，不經司法機關批準，可隨意監(jiān)督緝拿臣民，從而開明朝宦官干政之端。