學校創(chuàng)建于1902年的三江師范學堂,后歷經(jīng)兩江師范學堂、南京高等師范學校、國立東南大學、國立中央大學等重要發(fā)展時期。1952年全國高校院系調(diào)整,學校文理等科遷出,以原國立中央大學工學院為主體,先后并入復(fù)旦大學、交通大學、浙江大學、金陵大學等校的有關(guān)系科,在國立中央大學本部原址建立了南京工學院。1988年5月,學校復(fù)更名為東南大學。2000年4月,原東南大學、南京鐵道醫(yī)學院、南京交通高等專科學校合并,南京地質(zhì)學校并入,組建新的東南大學。